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据2016年12月研究所官网显示，研究所拥有的中国病毒资源基础数据库有：病毒性病原调查基础数据库、病毒编目数据库、病毒敏感细胞数据库、病毒遗传资源数据库、野生动物病原宿主组织数据库、动物疫病病原综合应用数据库、自然疫原性病毒综合应用数据库、昆虫病毒综合应用数据库、流感综合应用数据库、肝炎综合应用数据库、病毒性病原历史疫情数据库、高通量病原检测数据库、病毒性病原本底数据库、病毒性病原遗传资源数据库等。